Kongres Nasional I diadakan di Yogyakarta pada 14-17 Desember 1998 yang dihadiri lebih dari 500 perempuan dari 25 propinsi dan Timor Leste. Kongres menghasilkan AD/ART, program kerja, Deklarasi Yogyakarta, 15 presidium yang mewakili kelompok kepentingan perempuan adat; lansia, jompo dan penyandang cacat; profesional; pekerja sektor informal; miskin kota; miskin desa; pemuda, pelajar& mahasiswa; perempuan yang dilacurkan; buruh; janda, perempuan kepala rumah tangga & tidak menikah;anak marjinal; petani; nelayan; ibu rumah tangga ;lesbian, biseksual dan transeksual, juga memilih Nursyahbani Katjasungkana sebagai Sekretaris Jenderal dan Antarini Arna sebagai koordinator Presidium Nasional.
Sekretaris Jenderal : Nursyahbani Katjasungkana
Presidium Nasional
- Yusan Yeblo
Kelompok Kepentingan Perempuan Kepala Keluarga dan Perempuan Tidak Menikah
- Nani Munthohiyah
Kelompok Kepentingan Anak Marginal
- Adriana Killa
Kelompok Kepentingan Perempuan Masyarakat Adat
- Antarini Arna
Kelompok Kepentingan Perempuan Ibu Rumah Tangga
- Ning Sutiah
Kelompok Kepentingan Perempuan Petani
- Erma Susanti
Kelompok Kepentingan Masyarakat Miskin Kota
- Astuti Bambang
Kelompok Kepentingan Lansia dan Penyandang Cacat
- Dina Lumbantobing
Kelompok Kepentingan Sektor Informal
- Ratna Batara Munti
Kelompok Kepentingan Perempuan Miskin Desa - Cut Zahara
Kelompok Kepentingan Perempuan Profesional
- Syarifah
Kelompok Kepentingan LBT
- Mufida
Kelompok Kepentingan Perempuan Dilacurkan
- Choirul
Kelompok Kepentingan
- Arumyati
Kelompok Kepentingan Buruh